医療費控除とセルフメディケーション税制の違いを徹底解説
そもそも医療費控除とは
医療費控除は、1年間（1月1日から12月31日まで）に自分や家族が支払った医療費が一定額を超えた場合に、その超えた金額を所得から差し引くことができる所得控除制度です。所得控除により課税対象となる所得金額が減るため、結果として所得税と住民税が安くなります。
控除額の計算式は「（年間医療費合計 - 保険金等で補填された金額）- 足切り額」です。足切り額は、総所得金額が200万円以上の方は10万円、200万円未満の方は総所得金額の5%（いずれか少ない方）となります。控除額の上限は200万円です。
対象となる医療費は、病院・歯科の治療費、処方薬代、入院費、通院交通費（公共交通機関）、レーシック手術、治療目的の歯科矯正など多岐にわたります。一方、美容目的の施術、健康診断費用（異常なしの場合）、予防接種、自家用車での通院費用などは対象外です。
セルフメディケーション税制とは
セルフメディケーション税制は、2017年（平成29年）に創設された制度で、健康の保持増進や疾病の予防に関する一定の取組を行っている方が、スイッチOTC医薬品を年間12,000円を超えて購入した場合に適用できる医療費控除の特例です。2026年現在も引き続き適用されています。
スイッチOTC医薬品とは、もともと医師の処方が必要だった医薬品が、薬局やドラッグストアで処方箋なしで購入できるようになった医薬品のことです。風邪薬、胃腸薬、鎮痛剤、アレルギー用薬、湿布薬など、約2,700品目が対象に指定されています。
控除額は「OTC医薬品の年間購入額 - 12,000円」で計算され、上限は88,000円です。通常の医療費控除と比較すると、足切り額が12,000円と低いため、医療費が比較的少額の方でも利用しやすい制度です。
2つの制度の大きな違い
最も重要な違いは、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できないという点です。確定申告時にどちらか一方を選択して申告する必要があります。
対象範囲にも大きな違いがあります。通常の医療費控除は医療費全般が対象ですが、セルフメディケーション税制はスイッチOTC医薬品の購入費用のみが対象です。一方、セルフメディケーション税制は足切り額が12,000円と低いため、医療費が少ない方でも恩恵を受けやすいという利点があります。
セルフメディケーション税制には「健康の保持増進の取組」が要件となっており、会社の定期健康診断、特定健康診査（メタボ健診）、予防接種、がん検診、人間ドックなどを受けていることが条件です。確定申告時にこれらの取組を証明する書類が必要になります。
どちらが有利？判断の目安
一般的な判断基準として、以下の目安があります。
- 医療費が10万円を大きく超える場合：通常の医療費控除が有利になることが多い。控除上限が200万円と大きいため、高額な医療費がある年は大きな節税効果が期待できます。
- 医療費が10万円前後で、OTC薬購入が中心の場合：セルフメディケーション税制が有利になることがあります。足切り額が12,000円と低いため、少額でも控除を受けられます。
- 年収が低い方（総所得200万円未満）：医療費控除の足切り額が「所得の5%」となり、10万円より低くなるため、通常の医療費控除でも有利になりやすいです。
- OTC薬の購入が100,000円（12,000+88,000円）を超える場合：セルフメディケーション税制は上限88,000円のため、それ以上は控除に含められません。通常の医療費控除の方が有利です。
ただし、個々の状況によって結果は異なりますので、本ツールに実際の金額を入力して比較することをおすすめします。
確定申告の手続き
どちらの制度を利用する場合も、確定申告が必要です。年末調整だけでは医療費控除は受けられません。
- 年間の医療費・OTC薬購入額のレシートや領収書を集め、集計する。
- 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用するか、確定申告書を作成する。
- 医療費控除の場合は「医療費控除の明細書」、セルフメディケーション税制の場合は「セルフメディケーション税制の明細書」を添付する。
- e-Tax（マイナンバーカード方式）で電子申告するか、税務署に書面で提出する。
- 還付金は申告後おおむね1〜2か月で指定口座に振り込まれる。住民税は翌年度の税額に反映される。
なお、確定申告は翌年の2月16日から3月15日までが提出期間ですが、還付申告（医療費控除など）は1月1日から提出可能で、5年前までさかのぼって申告することもできます。
節税額の計算方法
節税額は「控除額 x（所得税率 + 住民税率10%）」で計算されます。所得税は累進課税のため、所得が高い人ほど節税効果が大きくなります。例えば課税所得が500万円の方の場合、所得税率は20%、住民税率は10%ですので、控除額10万円あたり約3万円の節税効果があります。さらに復興特別所得税（所得税額の2.1%）分の節税もあるため、実際の節税額はやや大きくなります。